El orden político instaurado por el héroe-rey se vio alterado por la llegada de las Amazonas. Los autores antiguos difieren sobre la causa de este conflicto: según unos, Teseo había acompañado a Heracles a conquistar el cinturón de Hipólita y como recompensa, obtuvo a la hermana de la reina, llamada Antíope o Melanipa; según otros, Teseo la raptó por sí solo o con la ayuda de su amigo Pirítoo (fig. 67). Para rescatarla, las mujeres guerreras llegaron a Atenas y asediaron la Acrópolis.
Este episodio fue representado por Fidias tanto en las metopas del lado oeste del Partenón, como en el exterior del escudo que portaba la famosa Atenea crisoelefantina. Los originales de ambas obras no se conservan, sí, en cambio, copias romanas bastante fidedignas, tanto del escudo (fig. 68) como de las metopas (fig. 69), que permiten valorar la intervención de Fidias en este tema tradicional: las figuras de las Amazonas se han feminizado, al eliminarse algunos atributos iconográficos –las mallas y los gorros frigios– que las identificaban con asiáticas. Esta novedad se entiende a la luz del programa ideológico que Pericles y su círculo de artistas e intelectuales querían plasmar en el templo más emblemático de la Acrópolis. En efecto, aunque el Partenón se presentó como un memorial de la victoria de los griegos en las Guerras Médicas, su programa decorativo trasciende este hecho histórico: simboliza el triunfo de la civilización, identificada con Atenas, frente a cualquier forma de barbarie.
En otras versiones de la biografía de Teseo, las Amazonas atacaron la ciudad porque él abandonó a Antíope, que le había dado un hijo, Hipólito, para casarse con Fedra. Según Diodoro (Biblioteca histórica 4.64), esta boda sellaba una alianza entre Teseo y Deucalión, el mayor de los hijos de Minos y su sucesor en el trono. El pequeño Hipólito fue enviado a Trecén para que lo criara Etra, y, entre tanto, Teseo tuvo con Fedra a Acamante y Demofonte (cuadro genealógico nº 11).