El grupo más importante de arbovirus patógenos para el hombre y los animales es el de los que pertenecen al género taxonómico de los flavivirus, dentro de la familia Flaviviridae. (Schweitzer, B. K., et al, 2009). Éste engloba a los virus que causan el dengue, la fiebre amarilla, el zika, la encefalitis japonesa, la encefalitis de Saint Luis, la fiebre por virus West Nile, y la fiebre del valle de Murray, entre otros muchos (Tabla 1).
| Flavivirus | Vector preferente | Reservorio | Especies susceptibles |
|---|---|---|---|
| Virus de la fiebre amarilla | Mosquitos | Primates | Humanos |
| Virus Dengue | Mosquitos | Primates | Humanos |
| Virus Zika | Mosquitos | Primates | Humanos |
| Virus de la encefalitis japonesa | Mosquitos | Aves, cerdos | Humanos, caballlos, cerdos |
| Virus West Nile | Mosquitos | Aves | Humanos, caballos, aves, reptiles |
| Virus Usutu | Mosquitos | Aves | Aves, humanos |
| Virus de la encefalitis de Saint Louis | Mosquitos | Aves | Humanos |
| Virus de la fiebre amarilla del valle de Murray | Mosquitos | Aves | Humanos |
| Virus Bagaza | Mosquitos | Aves | Aves |
| Virus Tembusu | Mosquitos | Aves | Aves |
| Virus de la encefalitis centroeuropea | Garrapatas | Mamíferos silvestres | Humanos, caballos, otro mamíferos |
| Virus Meaban | Garrapatas | Aves marinas | NC |
Tabla 1. Algunos ejemplos de flavivirus de importancia sanitaria. Los flavivirus emergentes en España, que se tratarán con mayor profundidad en esta sección, están señalados en negrita en la tabla.
Todos los flavivirus comparten un patrón estructural y organizativo que consiste en un genoma constituido por única cadena de ARN de polaridad positiva de unos 11.000 nucleótidos de largo. Este ARN vírico codifica para una única poliproteina de alrededor de 3300 aminoácidos que se transcribe de una pieza en el citoplasma de la célula infectada para generar, por proteólisis enzimática, las diferentes proteínas víricas, tres estructurales (E=envoltura, prM/M=precursor de la proteína de la matriz/matriz y C=cápsida), y siete no estructurales (NS1, NS2A, NS2B, NS3, NS4A, NS4B, y NS5).

Figura 1. A) Esquema de la estructura del virión de los flavivirus mostrando sus componentes; B) Estructura del genoma de los flavivirus mostrando los puntos de procesamiento proteolítico que generan los diferentes polipéptidos víricos (Fuente: Creative Commons).
Los viriones son de forma esférica de unos 50 nm de diámetro, con envoltura proteolipídica en la que se insertan los dímeros de la proteína E que posee una región transmembrana y tres dominios, DI, DII, y DIII, interconectados por una región bisagra flexible sensible a pH. Cada uno de estos dominios exhibe importantes características funcionales. Por ejemplo, el DI contiene un sitio de glicosilación implicado en patogenicidad en muchos flavivirus, mientras que el DIII posee relevantes sitios diana de la respuesta de anticuerpos neutralizantes. Los viriones tienen bajo esa bicapa proteolipídica una cápsida formada por la proteína C, que envuelve y protege al ARN vírico. Los viriones inmaduros exhiben el precursor PrM, que es procesado proteolíticamente en el trans-Golgi para dar lugar a la proteína de la matriz, M que forma parte de los viriones maduros que emergen de la célula infectada. La función del PrM parece ser prevenir una fusión prematura de las membranas celulares por parte de la proteína E, que posee funciones de péptido de fusión dependiente de pH.
Las siete proteínas no estructurales de los flavivirus intervienen en diversas fases del ciclo de replicación viral: NS1, además de un papel protector frente a la inmunidad innata, interviene en la morfogénesis y estabilización de los viriones nacientes en el retículo endoplásmico; NS2A interviene en la replicación y ensamblaje, y desarticula la respuesta de interferón del hospedador; NS2B actúa como cofactor de la actividad proteasa de la NS3, que procesa proteolíticamente la poliproteína en diversos puntos para originar distintos polipéptidos víricos; la NS3 posee además actividad ARN-helicasa; NS4A interviene en proceso de reorganización de membranas necesarios en la replicación, asociándose con NS1; NS4B es necesaria en la replicación en asociación con NS1 y también inhibe el proceso de señalización mediado por interferón; por último NS5 es la ARN-polimerasa ARN-dependiente vírica, también posee actividad metiltransferasa en su extremo N-terminal, implicada en el capping del ARN, y además presenta actividad antagonista de interferones alfa y beta.