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Reto para la pausa del café/ Coffee break challenge

Reto para la pausa del café/ Coffee break challenge

de Coral del Val Muñoz - Número de respuestas: 4

Si tenéis cinco minutos con vuestro café, este es un buen momento para pasar por el Post 2.

En ese post extendemos el Modulo 1.2 hablando sobre datos concretos en diez áreas reales donde la bioinformática está transformando la ciencia, la medicina y la industria. Algunas quizá estén muy cerca de vuestro campo, otras pueden resultar completamente nuevas. Lo interesante es ver cómo las mismas herramientas pueden percibirse de forma distinta según la disciplina.

Después de leerlo, os proponemos un pequeño reto:

Elegid UNA de las diez áreas de aplicación.

Luego pensad en vuestro propio campo profesional o disciplina académica y planteaos:

• ¿Qué problema concreto de vuestro sector podría abordarse con herramientas bioinformáticas en esa área?
• ¿Cuál creéis que es el principal obstáculo para que esa aplicación llegue a implantarse de forma generalizada: técnico, económico, ético, formativo… o una mezcla de todos?

No hay respuestas correctas o incorrectas. El objetivo es ver cómo perfiles distintos, clínicos, bioinformáticos, ingenieros, nutricionistas, biólogos, científicos de datos, interpretan las mismas herramientas desde perspectivas diferentes.

Si algo del Post 2 os ha despertado una idea, una duda o incluso un desacuerdo, este es el lugar para compartirlo.

A veces las mejores ideas empiezan con una reflexión durante la pausa del café.

*******************

If you have five minutes with your coffee, this is a good moment to jump into Post 2.

In that post we extend Module 1.2 exploring ten real areas where bioinformatics is transforming science, medicine, and industry. Some of them may already be close to your field, others might be completely new. The interesting part is seeing how the same tools can look very different depending on the discipline.

After reading it, we propose a small challenge:

Choose ONE of the ten application areas.

Then think about your own professional field or academic background and ask yourself:

• What concrete problem in your sector could be addressed using bioinformatics in that area?
• What do you think is the biggest barrier for that application to become widely implemented, technical, economic, ethical, educational, or a combination?

There is no correct answer. The goal is to see how different perspectives, clinicians, bioinformaticians, engineers, nutritionists, biologists, data scientists, approach the same tools from different angles.

If something from Post 2 sparked an idea, a concern, or even a disagreement, this is the place to share it.


En respuesta a Coral del Val Muñoz

Re: Reto para la pausa del café/ Coffee break challenge

de Sofia Didenko -
Hola! Muy interesante!

Durante mi máster en neurociencia hemos visto en varias ocasiones cómo la inteligencia artificial y, en general, las herramientas bioinformáticas son una gran ayuda en nuestro campo. Por ejemplo, las áreas de neurociencia de sistemas y neurofisiología son un buen punto de partida.

Un ejemplo concreto es el trabajo que nos presentó la Dra. Liset Menéndez en un simposio al que asistí, sobre el uso de redes neuronales convolucionales unidimensionales para la detección automática de lo que se conoce como sharp-wave ripples (un tipo de patrón de actividad en el hipocampo) a partir de registros de potenciales de campo local en roedores. Originalmente se dependía de métodos más clásicos, pero la doctora utilizaba modelos que aprenden de los datos para reconocer patrones más complejos de oscilaciones y deflexiones en estos potenciales de campo, y al aplicarlos a nuevos datos estas redes seguían funcionando sin necesidad de reentrenarse. Es decir, empleaban una herramienta que permitía revelar procesos fisiológicos relevantes relacionados con las sharp-wave ripples y proponer nuevos criterios de clasificación de estos eventos.

Por lo general, sin entrar en ejemplos, las herramientas bioinformáticas pueden ayudar en la caracterización de redes neuronales, facilitando la descripción de la organización espacial y temporal de la actividad, por ejemplo, cómo se sincronizan las distintas regiones o cómo se propagan ciertos patrones de disparo de neuronas. Pero siempre se nos ha planteado la misma problemática: el enorme volumen de datos con el que se trabaja. La gran cantidad de actividad neuronal registrada se traduce en numerosos posibles patrones de actividad y combinaciones de neuronas, lo que hace que extraer una descripción concreta y manejable de la red sea muy difícil a nivel computacional sin recurrir a métodos avanzados de análisis que tengan la capacidad suficiente y necesaria para abarcar con esto.
En respuesta a Sofia Didenko

Re: Reto para la pausa del café/ Coffee break challenge

de Coral del Val Muñoz -

Hola Sofia,

Te importaria copiar tu post en el foro del Modulo 1, es muy interesante y podemos comentarlo alli todos juntos.

Un saludo.

Coral

En respuesta a Coral del Val Muñoz

Re: Reto para la pausa del café/ Coffee break challenge

de Sofia Didenko -
Buenos días Coral!

Muchas gracias, creo que ya está añadido al foro correcto!

Un saludo

Sofia