Buenos días,
como parte de los materiales del módulo 2, hoy ponemos a vuestra disposición un recurso muy especial. Se trata de un cuaderno de Python y R que está disponible para ejecución a través del servicio de Google Colaboratory. Esto permite ejecutar programas con código en Python o R en ordenadores en la nube, sin necesidad de realizar instalaciones adicionales en vuestros ordenadores. A través de estos códigos, podéis ver algunos ejemplos sobre cómo descargar datos de un repositorio público como The Cancer Genome Atlas (TCGA), cómo preprocesar un conjunto de datos ómico y normalizarlo, cómo realizar visualizaciones muy útiles para interpretar los datos y cómo realizar un análisis de enriquecimiento funcional con distintas ontologías y recursos disponibles online.
Estos cuadernos están a vuestra disposición en dos formatos.
- [Recomendado] Para las personas no iniciadas en programación o con un nivel básico, recomendamos consultar los PDFs que incluyen las explicaciones correspondientes, junto con todo el código de los cuadernos de python y R y los resultados obtenidos por los programas. Estos PDFs son suficientes para introduciros a los problemas que se pretenden abordar y para superar la evaluación del curso. Aquí tenéis el PDF disponible con los contenidos de las tres cápsulas de este módulo: https://abierta.ugr.es/pluginfile.php/872/mod_page/content/62/Notebook-Module2-C123-2024-ES.pdf
- [Avanzado] Para las personas con un nivel de programación avanzado en python y/o R, recomendamos consultar y ejecutar los notebooks que están disponibles a través de Google Colab. La ejecución de estos cuadernos requiere la instalación previa de algunas bibliotecas en los entornos de ejecución que Google pone a nuestra disposición en Google Colab, así como la descarga de datos de repositorios públicos. De este modo, algunos de los comandos pueden requerir cierto tiempo de ejecución, por lo que estos cuadernos aparecen ya ejecutados, y podéis consultar los resultados correspondientes a las ejecuciones. Las instrucciones de cómo ejecutar estos notebooks están disponibles en este enlace: Google Colaboratory , y los cuadernos de código para ejecutar los materiales de las cápsulas 1, 2 y 3 de este módulo están disponibles en este enlace:
https://colab.research.google.com/drive/1sgkBRHqzUOxUHh4j_li3daHWqyNjEDOk
Si durante el transcurso del curso se actualizan las versiones de las bibliotecas que estamos utilizando en el cuaderno, es posible que sea necesario reinstalarlas y alguna de las celdas de código no funcione temporalmente durante esa actualización. Os pedimos que sigáis detenidamente las instrucciones de ejecución del notebook y nos escribáis al hilo correspondiente a dudas en caso de que algo no os funcione.
Para cualquier aclaración o duda, consultad el hilo correspondiente en el foro.
Happy coding!
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Good morning,
As part of the materials for module 2, today we are making a very special resource available to you. It's a Python and R notebook that is available for execution through Google Colaboratory service. This allows you to run programs with Python or R code on cloud computers, without the need for additional installations on your own computers. Through these notebooks, you can see some examples of how to download data from a public repository such as The Cancer Genome Atlas (TCGA), how to preprocess an omics dataset and normalize it, how to create very useful visualizations to interpret the data, and how to perform functional enrichment analysis with different ontologies and resources available online.
These notebooks are available to you in two formats.
- [Recommended] For people who are not initiated in programming or have a basic level, we recommend consulting the PDFs that include corresponding explanations, along with all the code from the Python and R notebooks and the results obtained by the programs. These PDFs are sufficient to introduce you to the problems we aim to address and to pass the course evaluation. Here is the PDF available with the contents of the three capsules of this module: https://abierta.ugr.es/pluginfile.php/872/mod_page/content/62/Notebook-Module2-C123-2024-EN.pdf
- [Advanced] For people with an advanced level of programming in Python and/or R, we recommend consulting and executing the notebooks available through Google Colab. Running these notebooks requires the prior installation of some libraries in the execution environments provided by Google in Google Colab, as well as downloading data from public repositories. As a result, some commands may require some execution time, so these notebooks are already executed, and you can check the results corresponding to the executions. Instructions on how to run these notebooks are available at this link: Google Colaboratory, and the code notebooks to execute the materials of capsules 1, 2, and 3 of this module are available at this link: https://colab.research.google.com/drive/1sgkBRHqzUOxUHh4j_li3daHWqyNjEDOk . If during the course, the versions of the libraries we are using in the notebook are updated, it may be necessary to reinstall them, and some of the code cells may not work temporarily during that update. We ask you to carefully follow the notebook execution instructions and write to us in the corresponding thread for any questions if something does not work for you.
For any clarification or doubts, please consult the corresponding thread in the forum.
Happy coding!
