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Module 1 discussion forum

Dudas y preguntas / Doubst and questions

Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Coral del Val Muñoz - Number of replies: 11

Hemos creado este hilo para que puedas plantear todas tus dudas sobre el Módulo 1. De esta manera, será más fácil para todos encontrar respuestas sin tener que buscar entre los comentarios de los distintos temas que abordaremos fuera del temario en otros hilos. ¡Te animamos a participar y enriquecer el debate con tus aportes!

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We have created a this thread where you can ask any questions you may have about Module 1. This will make it easier for everyone to find answers without having to search through comments on various off-topic discussions in other threads. We encourage you to participate and enrich the discussion with your contributions!

 


In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by María Isabel Aranda Olmedo -
Hola. Estoy echando un vistazo a los contenidos de este primer módulo y me surge una duda: ¿el apartado 1.3. no tiene texto? Solo veo el vídeo. Gracias.
In reply to María Isabel Aranda Olmedo

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Carlos Cano Gutiérrez -
Hola María Isabel,
si, efectivamente. El módulo 1.3 sólo tiene video, no tiene texto asociado. Esperamos que lo disfrutes, así como el resto de contenidos del curso. Un saludo!
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Hello María Isabel,
yes, exactly. There is no PDF associated to Module 1.3, just the video. Enjoy!
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Jose M Peregrin Alvarez -
Buenas, acabo de realizar la primera actividad del curso y he notado un error en la calificación: el EMBL es el European Molecular Biology Laboratory (https://en.wikipedia.org/wiki/European_Molecular_Biology_Laboratory) que aunque incluye bases de datos si entras en la página oficial, persé no es una base de datos. Saludos, J
In reply to Jose M Peregrin Alvarez

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Coral del Val Muñoz -
Hola Jose,
Gracias por avisar hemos corregido la pregunta, la base de datos antes se llamaba exactamente igual que el Laboratorio Europeo de Biolgia Molecular, (EMBL), pero ha cambiado a ENA para representar mejor el tipo de datos que almacena y no el origen de la base de datos. Ya está corregido para las próximas veces.
Un saludo,
Coral
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Cristina Sánchez Cañuelo -
Hola. He hecho el cuestionario del Módulo 1 y hay una pregunta cuya respuesta no entiendo muy bien (aunque no la voy a contestar voy a escribir la pregunta): "La predicción de la estructura terciaria de una proteína es un problema resuelto en bioinformática"; entiendo que la respuesta se debe a que no especifica si es exclusivamente o no, pero si alguien me lo puede confirmar lo agradezco.

Muchas gracias.
In reply to Cristina Sánchez Cañuelo

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Jose M Peregrin Alvarez -
Hola Cristina,
Se refiere a la predicción de la estructura 3D(tridimensional) de una proteína. Aunque la última aplicación de la bioinformática integrando AI, denominada AlphaFold, ha demostrado ser tan buena como la validación experiemental (ver el artículo recomendados de lectura en la página de inicio), yo no me atrevería a decir que el problema está resuelto aún ya que siempre hay espacio para la mejora y la disminución del error que se puede cometer tanto a nivel experimental por el ser human como computacionalmente por los computadores.
Espero haber respondido a tu pregunta.
Saludos, J
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Santiago Rios -
Hola, Quería comentar una duda sobre una de las preguntas del cuestionario "El metaboloma es la colección completa de moléculas químicas de pequeño tamaño (e.g. hormones) en una célula, tejido o organismo." En el enunciado se dá a entender que las hormonas son moléculas pequeñas, pero según entiendo las hormómas tiene un rango de tamaño muy amplio pudiendo ser moléculas de varios átomos como la acetilcolina pero también de varios centenares de aminoácidos com podria ser la hormona del creciemiento entre otras.
Gracias por las posibles respuestas.
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Hello, I wanted to comment on a question about one of the questions in the questionnaire, "The metabolome is the complete collection of small chemical molecules (e.g., hormones) in a cell, tissue, or organism." The statement implies that hormones are small molecules, but as I understand it, hormones have a very wide range of sizes. They can be molecules with several atoms, like acetylcholine, but also with several hundred amino acids, such as growth hormone, among others.
Thanks for any answers.
In reply to Santiago Rios

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Jose M Peregrin Alvarez -
Hola Santiago,
El metaboloma se refiere al conjunto de pequeñas moléculas denominadas metabolitos (tales como intermediarios metabólicos, hormonas y otras moléculas de señalización, y metabolitos secundarios)(lista: https://www.metabolon.com/metabolites/). Sin embargo, si la memoria no me falla y al link anterior no le faltan cosas, los casos que sugieres no se consideran metabolitos, i.e. la acetilcolina es un neurotransmisor y la hormona del crecimiento una hormona relacionada con el crecimiento como su nombre indica, aunque también está relacionada con el metabolismo como función secundaria (https://my.clevelandclinic.org/health/articles/23309-human-growth-hormone-hgh).
En resumen, creo que por el tamaño y por su función no tan directa con el metabolismo no se considera metabolito por eso tampoco se considera parte del metaboloma.
Espero haber respondido a tu pregunta.
Saludos,
J
In reply to Jose M Peregrin Alvarez

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Coral del Val Muñoz -

Hola a los dos,

Muchas gracias por vuestra participación y a Jose por su respuesta. Efectivamente Santiago la duda que has planteado es pertinente porque, en efecto, el término “hormona” abarca un rango muy amplio de biomoléculas, desde compuestos de bajo peso molecular (por ejemplo, hormonas tiroideas o esteroides) hasta polipéptidos de tamaño considerable, como la hormona del crecimiento (GH), que ronda los 22 kDa.

Ahora bien, cuando hablamos de metaboloma, nos referimos al conjunto de pequeñas moléculas (generalmente con un peso molecular por debajo de ~1-1,5 kDa) presentes en células, tejidos u organismos y que participan directamente en reacciones y vías metabólicas.

  1. Hormonas consideradas metabolitos pequeños
  • Existen hormonas que caen dentro de la categoría de metabolitos de bajo peso molecular, como las hormonas esteroideas (cortisol, estradiol, testosterona, etc.) o ciertos derivados aminoacídicos (adrenalina, T3, T4). Estas se suelen incluir en la definición de metaboloma porque participan de manera activa y directa en rutas metabólicas y son químicamente “pequeñas”.
Hormonas polipeptídicas (o proteicas) de mayor tamaño
  • La hormona del crecimiento (GH), por ejemplo, es una proteína relativamente grande y, como bien apuntas, no se considera parte del metaboloma propiamente dicho. Más bien se enmarca dentro del “proteoma” o incluso del “secretoma”.
  • Este tipo de hormonas complejas pueden influir en el metabolismo, pero por su estructura, peso molecular y mecanismos de acción se sitúan fuera del espectro de “metabolitos pequeños”.

A menudo, cuando en un texto se menciona que el “metaboloma” incluye hormonas, se hace referencia a hormonas de baja masa molecular, especialmente las hormonas esteroides y otras moléculas de señalización de estructura simple. Es cierto que el enunciado puede generar confusión si uno piensa en hormonas proteicas de gran tamaño, pero, tal como señala Jose, la definición estándar considera hormonas pequeñas dentro de la categoría de metabolitos y excluye aquellas que por peso/estructura se alinean más con macromoléculas proteicas. Las hormonas de mayor tamaño y función predominantemente proteica no se engloban en el metaboloma, sino que pertenecen a otras categorías ómicas (proteoma, secretoma, etc.).

¡Espero que esto te ayude a aclarar la duda!

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Hello to both of you,

Thank you very much for your contributions, and thanks to Jose for his answer. Indeed, the concern you’ve raised is valid because the term “hormone” encompasses a very wide range of biomolecules—from low molecular weight compounds (e.g., thyroid hormones or steroids) to fairly large polypeptides, such as Growth Hormone (GH), which is about 22 kDa.

However, when we speak of the metabolome, we are referring to the set of small molecules (generally with a molecular weight below ~1–1.5 kDa) present in cells, tissues, or organisms that directly participate in metabolic reactions and pathways.

  1. Hormones Considered Small Metabolites
  • There are hormones that do fall within the category of low molecular weight metabolites, such as steroid hormones (cortisol, estradiol, testosterone, etc.) or certain amino-acid-derived molecules (adrenaline, T3, T4). They are typically included in the definition of the metabolome because they actively and directly participate in metabolic pathways and are chemically “small.”
Peptide (or Protein) Hormones of Larger Size
  • Growth Hormone (GH), for example, is a relatively large protein and, as you point out, it is not considered part of the metabolome proper. Rather, it falls under the “proteome” or even the “secretome.”
  • These more complex hormones can influence metabolism, but due to their structure, molecular weight, and mechanisms of action, they lie outside the realm of “small metabolites.”
Often, when a text states that the “metabolome” includes hormones, it is referring to low molecular weight hormones, especially steroid hormones and other simple-structured signaling molecules. It’s true the statement may be confusing if one thinks about large protein hormones, but as Jose points out, the standard definition considers small hormones as part of the metabolite category and excludes those that, due to their weight/structure, are better classified as protein macromolecules. Larger hormones with a predominantly protein function are not included in the metabolome, but rather in other “omic” categories (proteome, secretome, etc.).

In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Dudas y preguntas / Doubst and questions

by Santiago Rios -
Hola,

Gracias a Jose y Coral por vuestras respuestas. Muy aclaratorias.

Un saludo y seguimos en contacto por el forum.
Santiago