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Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Elisa Gascón Rodríguez - Número de respuestas: 1
Hola,

Estoy trabajando especialmente con el repositorio de GEO para sacar datasets de enfermedades neurodegenerativas (Alzheimer, ALS, Parkinson...) y también he empleado la base de Array Express. En este caso he estado trabajando con muestras analizadas por microarrays pero también hay disposición de muestras NGS.

No sé si conocéis más bases similares a estas. GEO me gusta mucho porqué suelen tener muchísima información para cada muestra. En mi caso, me he dado cuenta de que hay una menor disposición pública de muestras para estas enfermedades que para el cáncer, por ejemplo.

Un saludo,

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Hi,

I am working specially with the GEO repository to extract datasets of neurodegenerative diseases (Alzheimer, ALS, Parkinson...) and I have also used the Array Express database. In this case I have been working with samples analysed by microarrays but there are also NGS samples available.

I don't know if you know of any other databases similar to these. I really like GEO because they usually have a lot of information for each sample. In my case, I have noticed that there is less public availability of samples for these diseases than for cancer, for example.

Regards,
En respuesta a Elisa Gascón Rodríguez

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Pedro Carmona -
Hola Elisa
GEO y ArrayExpress son los principales repositorios de este tipo de datos, normalmente al publicar un trabajo se pide subir los datos a estas bases de datos. A parte, hay cada vez más bases de datos específicas como TCGA en cáncer. El catálogo que tiene NAR es bastante completo y lo va actualizando cada año, puedes hacer búsquedas ahí para ver si hay alguna específica del campo en el que trabajas, te paso el enlace https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/

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Hello Elisa
GEO and ArrayExpress are the main repositories of this kind of data, usually when publishing a paper you are asked to upload the data to these databases. Apart from these, there are more and more specific databases such as TCGA in cancer. The NAR catalog is quite complete and is updated every year, you can search there to see if there is any specific to the field in which you work, I pass the link https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/