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Post 1: material adicional El ADN era solo el principio / DNA Was Just the Beginning

Re: El ADN era solo el principio / DNA Was Just the Beginning

de Coral del Val Muñoz - Número de respuestas: 1
¡Muchas gracias Helen por una reflexión tan interesante! Planteas varios puntos muy importantes.

  • Tu primera observación sobre el riesgo de resultados sesgados o inexactos cuando las herramientas se entrenan principalmente con datos de poblaciones europeas o norteamericanas es uno de los grandes retos actuales de la medicina genómica. Como mencionas, esto puede tener consecuencias reales en medicina de precisión, donde variantes mal clasificadas o variantes no detectadas podrían afectar al diagnóstico o a las decisiones terapéuticas.

  • También me parece muy acertada tu propuesta de entrenar y validar las herramientas utilizando datos genómicos locales, así como fomentar la colaboración nacional e internacional. En campos como el estudio de enfermedades raras, compartir datos entre instituciones y poblaciones puede ser clave para identificar patrones que de otro modo pasarían desapercibidos.

  • Tu tercer punto sobre la accesibilidad y facilidad de uso de las herramientas bioinformáticas también es muy relevante. A medida que la bioinformática se integra cada vez más en la práctica clínica,  las herramientas tendrán que ser no solo más potentes, sino también más transparentes, fáciles de usar y con una gobernanza responsable, especialmente con el creciente papel de la inteligencia artificial.

Una de las preguntas de fondo en este caso es cómo equilibrar innovación, equidad y responsabilidad en bioinformática:

  • ¿Cómo aseguramos que las herramientas funcionen bien en poblaciones diversas?
  • ¿Quién debería ser responsable de validarlas y mantenerlas?
  • ¿Y cómo garantizamos que sean accesibles sin perder de vista un uso adecuado?

También sería muy interesante conocer la opinión de otras personas del foro. Desde vuestro propio ámbito o experiencia, ¿cuál creéis que sería el mayor reto para implementar medicina genómica en un contexto como este? 

*********************

Thank you Helen for this thoughtful reflection. You raised several critical points.

  • Your first observation about the risk of biased or inaccurate results when tools are trained mainly on European or North American datasets is a key challenge in current genomic medicine. As you mentioned, this can have real consequences in precision medicine, where misclassified variants or missing variants could affect diagnosis or treatment decisions.
  • I also appreciate your suggestion to train and validate the tools using local genomic data and encourage national and international collaboration. Sharing data across institutions and populations can be crucial in fields such as rare disease research to identify patterns that would otherwise remain invisible.
  • Your third point about the accessibility and usability of bioinformatics tools is also very interesting. As bioinformatics becomes increasingly integrated into clinical practice, tools will likely need to become not only more powerful but also more transparent, user-friendly, and responsibly governed, especially with the growing role of AI.

One of the broader questions behind this case is how we balance innovation, equity, and responsibility in bioinformatics:

  • How do we ensure tools work well across diverse populations?

  • Who should be responsible for validating and maintaining them?

  • And how do we make sure they remain accessible while still being used appropriately?

I’d be very interested to hear what others think about this scenario as well. What would be your biggest challenge in implementing genomic medicine in this context from your own field or experience?


En respuesta a Coral del Val Muñoz

Re: El ADN era solo el principio / DNA Was Just the Beginning

de Marie Iglesias Mulhauser -
¿Qué problemas concretos podría encontrar este hospital?
En la cuestión planteada entendemos que el hospital se encuentra en un país fuera de Europa y Norteamérica por lo que a la hora de implantar la medicina de precisión para el diagnóstico de enfermedades raras nos encontraríamos con varios problemas:
- Sesgo de datos y resultados no exactos ya que las herramientas bioinformáticas disponibles, al ser desarrolladas para poblaciones europeas y norteamericanas es muy posible que no tenga en cuenta variantes genéticas de la población local. Derivado de ellos tendríamos diagnósticos erróneos por falsos positivos o falsos negativos, etc.
- No detección de enfermedades específicas raras o variantes genéticas que sean exclusivas de la población local al no estar incluidos en los modelos existentes.
- A nivel ético y legal habría que plantearse la responsabilidad del hospital ante el uso de una herramienta no adecuada.

¿Qué papel jugaría el pangenoma humano en este contexto?
En el pangenoma humano se representa la diversidad genética de toda la especie humana, más allá del genoma de referencia tradicional (basado en individuos europeos y/o americanos). Por lo tanto, para este hospital, el pangenoma puede:
- Ampliar la cobertura genética. De este modo se permitiría que las herramientas bioinformáticas reconozcan variantes genéticas presentes en la población local.
- Reducir sesgos. Al incluir datos de poblaciones diversas, se mejora la precisión de los diagnósticos de diferentes grupos poblacionales.
- Ayudar el desarrollo de herramientas locales. De este modo, el hospital podría usar el pangenoma como base para entrenar y validar modelos adaptados a su población.

¿Y qué responsabilidad tienen los desarrolladores de herramientas bioinformáticas ante este reto?
Un proceso de mejora continua que permita:
- Incluir diversidad genética. Deberían permitir que sus herramientas consideren la variabilidad genética global y no solo la de poblaciones europeas y/o norteamericanas.
- Transparencia y documentación. Informar claramente sobre los orígenes de los datos de entrenamiento y las limitaciones de precisión en poblaciones no representadas.
- Colaboración y soporte. Facilitar que hospitales de países de ingresos medios puedan adaptar, entrenar o validar herramientas con datos locales de manera ética y segura.
- Actualización continua. Incorporar nuevos datos genómicos de poblaciones diversas para mejorar la precisión y relevancia clínica global de sus herramientas.

Respecto a las 3 cuestiones planteadas:

¿Cómo aseguramos que las herramientas funcionen bien en poblaciones diversas?
En este caso deberíamos tener herramientas con datos representativos con el fin de no tener datos sesgados que hagan que los algoritmos fallen. Antes de su puesta en el “mercado” se debería comprobar su eficacia, por lo que se deberían analizar en diversas poblaciones con diferencias geográficas, étnicas, edad, etc. Y nuestras herramientas deberían permitir cierta flexibilidad de adaptación mediante el aprendizaje manteniendo la precisión requerida.

¿Quién debería ser responsable de validarlas y mantenerlas?
En este caso debería ser una responsabilidad compartida entre desarrolladores, laboratorios, comités regulatorios y colaboraciones comunitarias. Lo ideal sería establecer un marco normativo de derecho internacional.

¿Y cómo garantizamos que sean accesibles sin perder de vista un uso adecuado?
Estas herramientas, dada la importancia mundial que tiene debería tener un software abierto fácilmente utilizable, licencias adaptadas al conocimiento de los investigadores y laboratorios y que sea accesible a todo el mundo, con independencia de la capacidad económica, este punto puede ser muy importante ya que siempre hay mentes brillantes que pueden hacer grandes aportaciones científicas en los lugares más insospechados.