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MOOC Machine Learning y Big Data para la Bioinformática. 5ª Edición

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Foro de debate módulo 2

Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Pedro Carmona - Número de respuestas: 5

En el notebook se trabaja con un repositorio de acceso abierto de datos omicos en cáncer. En este contexto, la proliferación de recursos online y bases de datos dedicadas se ha ido incrementando en los últimos años en paralelo a la generación de datos.
Hay revistas científicas dedicadas específicamente a publicar este tipo de recursos. En este sentido, ¿conocéis bases de datos especialmente útiles que queráis compartir? ¿Necesitáis encontrar información de algunas en particular?
En este enlace hay un catálogo bastante extenso
https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/
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The notebook works with an open-access repository of omics information data on cancer. In this context, the proliferation of online resources and dedicated databases has been increasing in recent years in parallel to the generation of data.
There are scientific journals specifically dedicated to publishing such resources. In this regard, have you found any particularly useful ones that you would like to share? Do you need to find information on some in particular?
In this link there is a quite extensive catalog
https://www.oxfordjournals.org/nar/database/c/


En respuesta a Pedro Carmona

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Cristina Sánchez Cañuelo -
¡Hola! Me llamo Cristina y, respecto a las bases de datos que se utilizan en Bioinformática me gustaría preguntar cómo sería el caso de una base de datos creada en el propio proyectos de investigación. Es decir, en este módulo trabajamos con la base de datos ya creada TGCA, pero en el caso de que se lleve a cabo la investigación sobre una base de datos creada para llevar a cabo dicha investigación, ¿habría que subir la base de datos que se ha creado primero o podría cargarse en R desde un archivo o fichero? No sé si me habré explicado con claridad, espero que si.

Muchas gracias y un saludo.
En respuesta a Cristina Sánchez Cañuelo

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Pedro Carmona -
Hola Cristina,
TCGA es una base de datos donde los datos están disponibles de forma pública, por lo que cualquier investigador los puede descargar y analizar. En el Google Colab se descargan a partir del repositorio dónde están disponibles y se muestran algunos análisis con ellos. Si la pregunta es sobre cómo analizar los datos generados en un proyecto en particular con algunas de las funcionalidades que hay en el Google Colab se puede hacer en local, cargando los datos que quieras en tu sesión de R. No estoy seguro de si la cuestión que planteas es esta concreta, por lo que dinos sin problema cualquier otra duda que tengas.
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Hi Cristina,
TCGA is a database where the data is publicly available, so any researcher can download and analyze it. In Google Colab they are downloaded from the repository where they are available and some analyses are shown with them. If the question is about how to analyze the data generated in a particular project with some of the features in Google Colab you can do it locally, loading the data you want in your R session. I am not sure if the question you are asking is this specific one, so feel free to tell us any other question you may have.
En respuesta a Pedro Carmona

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Santiago Rios -
Hola,

Me gustaria preguntar mas en detalle cuales son las diferencias entre estudios de Genómica (según tengo entendido: analizar la expressión de un gen) y Transcriptómica (calcular la abundancia de mRNA), y en que casos hacemos estudios de Genómica o Transcriptómica. Ambos conceptos los veo parecidos y me gustaria tener mas claro como diferenciarlos.

Gracias por las respuestas,
Santiago
En respuesta a Santiago Rios

Re: Bases de datos en Bioinformática/Databases in Bioinformatics

de Pedro Carmona -
Hola Santiago,
En su sentido estricto, los estudios de genómica se refieren a analizar la secuencia de ácidos nucleicos a nivel genómico, por ejemplo para detectar variantes en la misma (SNPs, Indels, etc), análisis de estructura de genes, análisis comparativos de secuencias, etc, La transcriptómica se dedica a analizar los niveles de expresión de genes, u otros elementos como miRNAs, lncRNA, etc que se hace cuantificando los niveles de RNA codificados por los mismos.
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Hello Santiago,
In its strict sense, genomics studies refer to analyze the nucleic acid sequence, for example to detect variants in the same (SNPs, Indels, etc), comparative analysis of sequences, etc, Transcriptomics is dedicated to analyze the expression levels of genes, or other elements such as miRNAs, lncRNAs, etc which is done by quantifying the levels of RNA encoded by them.

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