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Foro de debate módulo 2

Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez - Número de respuestas: 19

Buenas tardes, 

en este hilo podéis compartir vuestras dudas acerca de los cuadernos de Python y R que hemos compartido como parte del material del Módulo 2 de este curso. Es importante consultar primero el hilo de Indicaciones importantes para seguir el módulo 2: 

https://abierta.ugr.es/mod/forum/discuss.php?d=493

Esperamos vuestras preguntas. 
Un saludo

-- 

Good afternoon,

In this thread, you can share your doubts about the Python and R notebooks that we have shared as part of the material for Module 2 of this course. It's important to first consult the thread on Important Instructions to Follow Module 2:

https://abierta.ugr.es/mod/forum/discuss.php?d=493


We look forward to your questions. Best regards


En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Jesús García-Junco -
Hola Carlos,
me parece que el fichero 'normRSEMtranscr.counts.RDS' no se encuentra en la carpeta rlibs.
Un saludo
--------
Hi Carlos,
it seems that the file 'normRSEMtranscr.counts.RDS' is not in the rlibs folder.
Best regards
En respuesta a Jesús García-Junco

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -
Hola Jesús,
gracias por tu pregunta. Descárgate la última versión de la carpeta r-lib aquí:
https://drive.google.com/drive/folders/1nglwQf-03PcNy-mGnaa4gGPPdHdXs_tw?usp=drive_link
su nombre es r-lib-220424 porque ha sido actualizada hoy mismo. Reinicia tu entorno de Google Colab y refresca tu versión del cuaderno para utilizar esta carpeta r-lib-220424 en tu path (elimina la antigua carpeta r-lib) y acceder a la última versión de las bibliotecas:
https://colab.research.google.com/drive/1sgkBRHqzUOxUHh4j_li3daHWqyNjEDOk
Encontrarás normRSEMtranscr.counts.RDS dentro de esta carpeta.
Gracias y un saludo

---

Hello Jesús,

Thank you for your question. Please download the latest version of the 'r-lib' folder here:
https://drive.google.com/drive/folders/1nglwQf-03PcNy-mGnaa4gGPPdHdXs_tw?usp=drive_link
Its name is 'r-lib-220424' because it has been updated today. Restart your Google Colab Environment and refresh your notebook version to use this 'r-lib-220424' folder in your path (please remove the old r-lib folder in case you were using any): https://colab.research.google.com/drive/1sgkBRHqzUOxUHh4j_li3daHWqyNjEDOk

You will find 'normRSEMtranscr.counts.RDS' inside this folder.

Thank you and best regards,
En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de José Luis Ruiz Moreno -
Buenas Tardes Jesús,

Ahora que me estoy poniendo al día con el curso, he visto este hilo y decidí descargar la nueva versión que recomiendas. Sin embargo al cargar este bloque de código:

%%R
library(TCGAbiolinks)
library(SummarizedExperiment)
print(sessionInfo())

Me sale el siguiente error:

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Error in library(TCGAbiolinks) :
there is no package called ‘TCGAbiolinks’


Error in library(TCGAbiolinks) :
there is no package called ‘TCGAbiolinks’

¿Qué debería hacer?

Gracias y un saludo!
En respuesta a José Luis Ruiz Moreno

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -

Hola José Luis, 

gracias por tu mensaje. Supongo que el código al que haces referencia se corresponde con el paso 6 de las instrucciones de "Instalación de R y paquetes" (Módulo 2 - > Cápsula 1 -> Sección 3.1.). El mensaje de error indica que no se ha cargado el paquete TCGAbiolinks, por lo que supongo que no has ejecutado correctamente los pasos anteriores de las instrucciones (paso 1 a 6). Yo los acabo de ejecutar para comprobar y no he tenido problema. Es muy importante que vuelvas a ejecutar con mucho cuidado todos los pasos de instalación indicados en la Sección 3.1, incluyendo el añadir la carpeta indicada a tu unidad de Google Drive y montarla para que sea visible para los cuadernos de Google Colab. 

Vuelve a ejecutar meticulosamente todos los pasos de instalación y confírmame si persiste el problema. 

-- 

Hello José Luis, 

thank you for your question. The code you refer to corresponds to step 6 in Section 3.1 "Installation of R and libraries". The error message states that package "TCGAbiolinks" cannot be found, so I guess that you did not follow the installation instructions steps 1 to 6 in this section. Please, carefully follow these instructions, including copying the shared folder rlibXX to your Google Drive unit and such. Go back to the instructions in section 3.1 from the beginning, follow them carefully, and confirm if the problem persists. 

Best regards

En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Laia Fortuny -
Buenos días Carlos,

Cuando intento realizar el paso 6 me aparece el siguiente error:
"""
%%R
library(TCGAbiolinks)
library(SummarizedExperiment)
print(sessionInfo())

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Error: package or namespace load failed for ‘TCGAbiolinks’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
there is no package called ‘Rcpp’
Error: package or namespace load failed for ‘TCGAbiolinks’ in loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]]):
there is no package called ‘Rcpp’
"""

Lo estoy cargando de la nueva carpeta 'r-lib-220424', pero aún intentandolo varias veces me sigue apareciendo el error.

Un saludo,

Laia
En respuesta a Laia Fortuny

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -

Buenos días Laia, 

justo ayer hubo cambios en algunas bibliotecas utilizadas en el cuaderno y lo reinstalamos todo, pero esos cambios suelen producir otros cambios en cascada y pasan unas horas hasta que los paquetes se estabilizan. Hemos reinstalado el paquete que mencionas y puedes volver a ejecutar el cuaderno. Te aconsejo que antes de volver a ejecutar, reinicies el entorno de ejecución con la opción "Entorno de ejecución -> Desconectarse y eliminar entorno de ejecución" para eliminar variables del entorno como .libPaths y que se actualicen con la carpeta compartida. 

Gracias por informarnos de este error y esperamos que estés disfrutando del curso! Ante cualquier problema de este tipo, por favor, seguid consultando los materiales y los notebooks ya ejecutados para no interrumpir vuestro aprendizaje mientras actualizamos los paquetes que han cambiado. 

Gracias y un saludo. 

--

Good morning Laia,

Just yesterday there were changes in some libraries we were using in the notebook, so we had to update these libraries. These changes usually trigger other cascading changes, and it takes a few hours for the packages to stabilize. We have reinstalled the package you mentioned, and you can rerun the notebook. For doing so, please restart the runtime environment with the option 'Runtime -> Disconnect and remove runtime environment' to clear environment variables like .libPaths and update them with the shared folder.

Thank you for informing us about this error, and we hope you are enjoying the course! In case of any such problem, please continue to consult the materials and the notebooks already executed to avoid interrupting your learning while we update the packages that have changed.


En respuesta a Laia Fortuny

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Julia Verheul -
Buenas a todos,


Yo he ejecutado todos los pasos sin incidentes y me sigue fallando a esta altura, ¿es posible que siga sin corregirse?
En respuesta a Julia Verheul

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -
Hola Julia,
yo mismo he ejecutado el cuaderno completo sin incidentes esta mañana. Te pediría que reinicies el entorno de ejecución con la opción "Entorno de ejecución -> Desconectarse y eliminar entorno de ejecución" para eliminar variables del entorno como .libPaths y que elimines la carpeta r-lib-220424 de tu unidad de Google Drive y vuelvas a ejecutar los pasos de instalación 1 a 6 de la sección 3.1 "Instalación de R y paquetes". Confírmame si se soluciona el problema.
Un saludo

--
Hello Julia,

I have executed the notebook without any incidents this morning. I would kindly ask you to restart the runtime environment with the option "Runtime -> Disconnect and Reset Runtime" to clear environment variables like .libPaths, and also delete the r-lib-220424 folder from your Google Drive and then re-run steps 1 to 6 of section 3.1 "Installation of R and packages." Please confirm if this resolves the issue.
En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Beatriz Crespo -
Buenos días,

Estoy realizando la cápsula 2 y el punto 1.2 y en los dos puntos que existen para generar plotDensities(normdata[,1:10], legend=FALSE) me indica el mismo error. He cargado nuevamente la biblioteca pero me sigue dando el mismo error. ¿A qué se puede deber?

%%R
# Perfil de densidad para las 10 primeras muestras
plotDensities(data[,1:10], legend=FALSE)

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Error in plotDensities(data[, 1:10], legend = FALSE) :
could not find function "plotDensities"


Error in plotDensities(data[, 1:10], legend = FALSE) :
could not find function "plotDensities


%%R
# Densidad
plotDensities(normdata[,1:10], legend=FALSE)

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Error in plotDensities(normdata[, 1:10], legend = FALSE) :
could not find function "plotDensities"


Error in plotDensities(normdata[, 1:10], legend = FALSE) :
could not find function "plotDensities"
En respuesta a Beatriz Crespo

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -

Estimada Beatriz, 

gracias por tu pregunta. He ejecutado ahora la totalidad del cuaderno y he comprobado que plotDensities funciona bien. Si tu cuaderno no encuentra la función plotDensities significa que no está cargada la biblioteca limma, que es donde se define esta función (deberías hacer library(limma). Si no está cargada esta biblioteca, es posible que tampoco estén cargadas otras bibliotecas que necesitas para la ejecución del resto del cuaderno, por lo que tiendo a pensar que tu sesión ha caducado o tu entorno se ha reiniciado desde que ejecutaste la sección 3.1. "Instalación de R y paquetes" del cuaderno. Para comprobarlo, puedes ejecutar: 

%%R
print(sessionInfo())

y comprobar si la lista de librerías que aparecen cargadas en tu entorno actual es la misma que la que aparece en la salida correspondiente a esa celda del PDF con el cuaderno ya ejecutado: 
https://abierta.ugr.es/pluginfile.php/876/mod_page/content/42/M2-C123-2024-ES.pdf

Alternativamente, puedes directamente volver a ejecutar los pasos de la sección 3.1 "Instalación de R y paquetes" para volver a cargar la carpeta r-lib compartida y cargar las librerías necesarias para ejecutar el cuaderno. 

Espero que esto te ayude a resolver el problema y ejecutar el cuaderno completo. 
Un saludo


---


Dear Beatriz,

Thank you for your question. I have just executed the entire notebook and confirmed that plotDensities works fine. If your notebook cannot find the plotDensities function, it means that the limma library is not loaded: you should do library(limma). However, if this library is not loaded, it is possible that other libraries you need for the execution of the rest of the notebook are also not loaded, so I believe that your session might have expired or your environment has been disconnected  since you ran the code in section 3.1 "Installation of R and packages" of the notebook. To find out, you can run:

%%R 

print(sessionInfo())

and verify if the list of libraries loaded in your current environment is the same as the one shown in the output corresponding to that cell of the PDF with the notebook already executed: 

https://abierta.ugr.es/pluginfile.php/876/mod_page/content/42/M2-C123-2024-ES.pdf

Alternatively, you can directly re-run the steps of section 3.1 "Installation of R and packages" to reload the shared r-lib folder and load the necessary libraries to run the notebook.

I hope this helps you solve the problem and execute the entire notebook.

Best regards


En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Elisa Gascón Rodríguez -
Hola Carlos,

Le escribo para preguntarle respecto al entorno de Google Colab. Hay una cosa que no entiendo muy bien, por ejemplo, en el paso a la hora de descargar los archivos adiccionales se crean las siguientes variables para R:

clinical.patient<-GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient") #basic info
clinical.drug <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "drug") #treatment info
clinical.new_tumor_event<-GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "new_tumor_event") #new tumor event

¿No deberían salir en el apartado de variables? Ya que no lo he visto. Por otro lado, ¿Debería salir esto de resultado?

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Project: TCGA-SKCM

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: --------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: oo Filtering results

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: --------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By data.format

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By data.type

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By barcode

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ----------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: oo Checking data

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ----------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Checking if there are duplicated cases

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Checking if there are results for the query

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: -------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: o Preparing output

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: -------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Downloading data for project TCGA-SKCM

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Of the 10 files for download 10 already exist.

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: All samples have been already downloaded

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: To get the following information please change the clinical.info argument

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: => new_tumor_events: new_tumor_event 
=> drugs: drug 
=> follow_ups: follow_up 
=> radiations: radiation

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Parsing follow up version: follow_up_v2.0

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Adding stage event information

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Updating days_to_last_followup and vital_status from follow_up information using last entry

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Parsing follow up version: follow_up_v2.0

  |======================================================================| 100%
  |===============================================================       |  90%
  |======================================================================| 100%



Tengo la sensación de que hay algún error y que no se esta asignando nada, ¿es así?

Muchas gracias,


-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

Hi Carlos,

I am writing to ask you about the Google Colab environment. There is one thing that I don't understand very well, for example, in the step when downloading the additional files the following variables are created for R:

clinical.patient<-GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "patient") #basic info
clinical.drug <- GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "drug") #treatment info
clinical.new_tumor_event<-GDCprepare_clinic(query, clinical.info = "new_tumor_event") #new tumour event

Shouldn't they be in the variables section? I haven't seen it. On the other hand, should this be the result?

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Project: TCGA-SKCM

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: --------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: oo Filtering results

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: --------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By data.format

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By data.type

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo By barcode

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ----------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: oo Checking data

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ----------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Checking if there are duplicated cases

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: ooo Checking if there are results for the query

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: -------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: o Preparing output

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: -------------------

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Downloading data for project TCGA-SKCM

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Of the 10 files for download 10 already exist.

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: All samples have been already downloaded

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: To get the following information please change the clinical.info argument

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: => new_tumor_events: new_tumor_event 
=> drugs: drug 
=> follow_ups: follow_up 
=> radiations: radiation

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Parsing follow up version: follow_up_v2.0

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Adding stage event information

  |======================================================================| 100%
WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Updating days_to_last_followup and vital_status from follow_up information using last entry

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Parsing follow up version: follow_up_v2.0

  |======================================================================| 100%
  |===============================================================       |  90%
  |======================================================================| 100%


I have the feeling that there is some error and that nothing is being assigned, is this the case?

Thank you very much,
En respuesta a Elisa Gascón Rodríguez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -
Hola Elisa,
muchas gracias por tu pregunta. Es muy interesante. El código se ejecuta bien y la salida que obtienes es la correcta. Si no ves las variables clinical.patient, clinical.drug y clinical.new_tumor_event es porque esas variables son variables de R, y las que te salen en el entorno son variables de python. El entorno de Google Colab que estamos ejecutando es un entorno de python, pero estamos ejecutando algunas celdas de código de python y otras de R (utilizando el comando %%R al principio de la celda de código, se indica a Colab que el código de esa celda es de R). Más adelante, en el cuaderno, se ejecuta este código:

# nombre_variable_en_python = %R nombre_variable_en_R
data = %R data
genes = %R genes.info
samples = %R sample.info #por ejemplo: la información de la variable sample.info de R se guarda en la variable samples de python
clinica = %R clinical.patient
tratamientos = %R clinical.drug
recurrencia = %R clinical.new_tumor_event

En el que se crean variables de python y se les asigna el contenido de las variables de R que corresponden. A partir de esa celda de código si deben salirte las variables de python correspondientes.

Gracias por tu pregunta y espero que disfrutes del curso.

--

Hi Elisa,
thank you for your question. It is very interesting. Your code works well and the output is correct. You don't see the variables clinical.patient, clinical.drug and clinical.new_tumor_event because these are R variables, not python variables. The Colab environment is a python environment, so only python variables are shown. Further ahead in the notebook you can execute this:

data = %R data
genes = %R genes.info
samples = %R sample.info #por ejemplo: la información de la variable sample.info de R se guarda en la variable samples de python
clinica = %R clinical.patient
tratamientos = %R clinical.drug
recurrencia = %R clinical.new_tumor_event

In this code you are creating python variables and assigning the corresponding R variables content to them. From this cell of code on, the corresponding python variables are shown in your Colab environment.

Thank you for your question and I hope you enjoy the course.
En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Samuel Saldaña -
Hola Carlos, logré ejecutarlo, coloqué de momento, el acceso directo de la carpeta de R, y se cargaron durante la ejecución de las celdas, otros paquetes, llevándome por los análisis, reportes y gráficos.

Habrá que dedicar un tiempo para valorar los datos y los análisis que incurre.


Hi Carlos, I managed to run it, I placed for the moment, the shortcut of the R folder, and were loaded during the execution of the cells, other packages, taking me through the analysis, reports and graphs.

I will have to spend some time to evaluate the data and the analysis it incurs.
En respuesta a Samuel Saldaña

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -

Hola Samuel, 

Buen trabajo! Exactamente, tendrás que dedicar un tiempo a revisar los códigos para entender los análisis. Cualquier duda o aclaración, plantéala por aquí. Y revisa la bibliografía y los links que os vamos dejando con materiales adicionales! hay mucho por aprender!

-- 

Hello Samuel, 

Good job. Indeed, you would need to spend now some time studying the code to better understand the analysis. Any questions, do not hesitate to ask in this thread. And check out the bibliography and all the provided links for additional information! 

Best regards

En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Victoria Vidal Tomas -
Hola Carlos,

He podido seguir el workflow sin problemas hasta el final del paso 1.2. Sin embargo, el primer bloque de código del apartado 1.3. me devuelve como error lo siguiente:

WARNING:rpy2.rinterface_lib.callbacks:R[write to console]: Error in FUN(newX[, i], ...) : is.atomicSí is not TRUE


Error in FUN(newX[, i], ...) : is.atomicSí is not TRUE

Al no generarse la variable milquinientosgenesdata, no puedo continuar con muchos de los siguientes bloques de código.

Muchas gracias de antemano.

Saludos!
En respuesta a Victoria Vidal Tomas

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Elena Perez Rico -
Tengo exactamente el mismo problema. A ver si nos lo resuelven. Gracias!
En respuesta a Elena Perez Rico

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -
Hola Victoria y Elena,
gracias por vuestro mensaje. He cambiado la celda de código a la que hacéis referencia para que se utilice explícitamente la función stats::var (la función var de la biblioteca stats). Parece ser que una modificación en alguna librería creaba una función var que enmascaraba la función var de la biblioteca stats, que es la que queríamos utilizar. He cambiado el cuaderno y podéis comprobar si funciona ahora con el cambio.
Gracias por vuestro mensaje y esperamos que disfrutéis del curso

--
Hello Victoria and Elena,
thank you for your message. I have changed the code cell you refer to so that the stats::var function is explicitly used (the var function of the stats library) . It seems that a modification in some library created a var function that masked the var function of the stats library, which is the one we wanted to use. I have changed the notebook and you can check if it works now with the change.
Thanks for your message and hope you enjoy the course.


En respuesta a Carlos Cano Gutiérrez

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Francisco Javier Fraguas Lasheras -
Hola a todos!,
Estoy ejecutando el cuaderno de estas cápsulas. En la primera hay una descarga de un excel a partir de una web. No puedo acceder a los datos porque me dicen que la web no existe. Copio el código.

¿A alguien más la ha pasado?

La verdadque se puede seguir el trabajo sin problema, pero me gustaría saber qué pasa porque al meter el link en mi navegador me arroja el error 404.

"El aspecto de una matriz de expresión es el que muestra la siguiente celda de código. Observa la
disposición matricial con un gen por cada fila (19947 en total - numeradas desde la fila 0 a la fila
19946) y una muestra por cada columna (473 en total).
# Esto ya es código de Python (observa que no aparece el %%R)
# la variable "data" de python contiene la matriz de expresión
import pandas as pd
pd.DataFrame(data)
{"type":"dataframe"}
En la siguiente cápsula iniciaremos un análisis exploratorio de estos datos y abordaremos dos
pasos imprescindibles antes de cualquier análisis computacional: el preprocesamiento y la
normalización de los datos.
5.2. Datos clínicos y resultados de estudios -ómicos
Además de los datos de expresión genética, también estaban disponibles datos clínicos de las
muestras y otros resultados derivados de distintos estudios -ómicos que pueden ser
interesantes para identificar patrones o relaciones novedosas en los datos.
El siguiente código ilustra como descargar una tabla en formato excel desde una URL, guardar la
tabla en una variable (base_datos) y visualizar su contenido para una primera exploración
# Importamos la librería pandas con el alias 'pd'
import pandas as pd
# Almacenamos el enlace a nuestros datos en la variable 'url_datos'
url_datos = 'https://drive.google.com/uc?id=1Wjyktizno4tUt8bjnBxpXXUZDAWXWa4'
# El método read_excel permite leer un libro de Excel
# El parámetro 'sheet_name' indica la hoja que nos interesa y
'usecols' nos permite
# especificar el conjunto de columnas que queremos leer (ambos son
parámetros opcionales)
base_datos = pd.read_excel(url_datos, sheet_name='Supplemental Table
S1D', header=1, na_values='-')
# Mostramos la tabla completa
base_datos"

-------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------
Hi there!
I was executing the code above, however a worng answer was showed after the promp was executed. I have check the website address on my web navigator and a 404 error appeared. Does anyone have the same problem?

It is not essential for the process however I would like to sove it.
En respuesta a Francisco Javier Fraguas Lasheras

Re: Dudas sobre los cuadernos de Python/R // Questions about Python/R Notebooks

de Carlos Cano Gutiérrez -
Hola Francisco Javier,
gracias por tu pregunta. Lo que ocurre es que la URL que estás tú usando no es la que aparece en el cuaderno de Google Colaboratory. La URL que aparece en tu mensaje es ésta: 
Y la que aparece en el cuaderno es ésta: 
Fíjate que has eliminado un carácter. Ese error provoca el 404 File Not Found. 
Un saludo
--
Hello Francisco Javier and thank you for your question. The problem is that there is a typo in the URL YOU are using (the one in the notebook is OK). Your URL is this one (I copied it from the text of your message): 
And the one in the notebook is this one: 
Please note a missing - in your URL. That yields Error 404 File Not Found. 
Best regards