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Bienvenidos / Welcome

Bienvenidos / Welcome

by Jesús Alcalá Fernández - Number of replies: 12

Buenos días a todo/as. 


Mi nombre es Jesús Alcalá Fernández, Catedrático del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada, miembro de los Centros de Investigación DaSCI y CITIC-UGR, y Coordinador Académico de este MOOC.


Os doy la bienvenida a la IV edición del MOOC UGR sobre Machine Learning y Big Data para la Bioinformática. En este MOOC un grupo de 12 profesores, investigadores y especialistas en cada una de las áreas, os proporcionarán un aprendizaje fácil y sencillo en uno de los campos de mayor proyección en la actualidad. Para poneros en contacto con los tutores de cada módulo disponéis de un foro en cada módulo en el que podréis realizar dudas sobre el material, participar en los debates generados por los tutores a lo largo de la semana, proponer temas relacionados con la temática del módulo que os gustaría debatir, etc. Además, el equipo docente creará a lo largo del curso diversos temas de conversación en el foro de la cafetería para que nos comentéis vuestra impresión o propongáis nuevos temas de debate relacionados con el curso.


Como sabéis, todo el contenido del curso está disponible en español y en inglés, por lo que todas las comunicaciones del equipo docente estarán disponibles en los dos idiomas.


Esperamos que disfrutéis tanto del curso como nosotros lo hemos hecho durante su realización.


Estamos a vuestra disposición para cualquier información y mejora de nuestro curso. 


¡Bienvenidos!


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Good morning everyone. 


My name is Jesús Alcalá Fernández, Full Professor with the Department of Computer Science and Artificial Intelligence at the University of Granada, member of the DaSCI and CITIC-UGR Research Centers, and Academic Coordinator of this MOOC.


I welcome you to the IV edition of the UGR MOOC on Machine Learning and Big Data for Bioinformatics. In this MOOC, a group of 12 teachers, researchers and specialists in each of the areas, will provide you an easy and simple learning in one of the fields of greatest impact today. To get in contact with the tutors of each module, there is a forum in each module in which you can ask questions about the material, participate in the discussions generated by the tutors throughout the week, propose topics related to the subject of the module that you would like to discuss, etc. In addition, throughout the course the teaching team will create various topics of conversation in the cafeteria forum so that you can comment on your impressions or propose new topics for discussion related to the course.


As you know, all course content is available in Spanish and English, so all communications from the teaching team will be available in both languages.


We hope you enjoy the course as much as we have enjoyed it.


We will be pleased to provide you with any information you may need to improve our course. 


Welcome!

In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Coral del Val Muñoz -
Hola a todos, bienvenidos al MOOC!!!.
Aprovecho este rincón para presentarme y que sepáis un poco más de mi. Mi nombre es Coral del Val, y soy Profesora Titular del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. También pertenezco al Instituto Interuniversitario Andaluz de Ciencia de Datos e Inteligencia Computacional (DaSCI: https://dasci.es) y al Instituto de Biociencias Ibs.Granada.

Mi formación es interdisciplinar e internacional con especialización en biología molecular, e informática. Mi trayectoria comenzó en 1995 con mi doctorado en ecología molecular y microbiología en el Consejo Superior de Investigaciones Científicas (CSIC) EEZ Granada. Posteriormente, en 2002, me incorporé al Centro Alemán de Investigación del Cáncer (DKFZ), primero en el Dpto. de Biofísica Molecular y Bioinformática y más tarde en la División de Análisis Genómicos. En 2005, me incorporé al Departamento de Ciencias de la Computación (http://sci2s.ugr.es/) de la Universidad de Granada y junto con el Dr. Zwir fundamos el M4MLab (http://sci2s.ugr.es/m4m/), parte del grupo de Soft Computing del departamento.
Mi trabajo de investigación se ha centrado en el campo de la Bioinformática y el análisis de datos integrando todos los aspectos relacionados con la minería de datos, el almacenamiento, el procesamiento, la distribución, el análisis, el modelado y la interpretación de la información biológica. En los últimos años, me he centrado en el desarrollo y la aplicación de algoritmos capaces de extraer relaciones de diferentes dominios de conocimiento (por ejemplo, datos genómicos, imágenes, datos transcriptómicos, datos clínicos). Nuestro objetivo es distinguir diferentes subtipos clínicos de trastornos complejos (e.g., trastornos mentales, cáncer) asociados a distintos antecedentes genéticos y como aplicar este conocimiento a la aplicación de tratamientos personalizados eficaces. En particular, os voy a acompañar durante los módulos 1 y 2.

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Welcome to this MOOC!!
My name is Coral del Val, and I am an Associate Professor at the Department of Computer Science and AI at the University of Granada, I also belong to the Andalusian Interuniversity Institute of Data Science and Computational Intelligence (DaSCI: https://dasci.es) and the Institute of Bioscience Ibs.Granada

My background is interdisciplinary and international with specialization in molecular biology, and computer science. My trajectory started in 1995 with my PhD in molecular ecology and microbiology at the Spanish Research Council (CSIC) EEZ Granada. Afterwards, in 2002, I joined the German Cancer Research Center (DKFZ) first at the Molecular Biophysics and Bioinformatics Dpt. and later at the Division of Genome Analysis. In 2005, I joined the Computer Science Department (http://sci2s.ugr.es/) at the University of Granada, and together with Dr. Zwir we founded the M4MLab (http://sci2s.ugr.es/m4m/).
My research work has centered in the field of Bioinformatics and Data analysis integrating all aspects related to data mining, storing, processing, distribution, analysis, modeling, and interpretation of biological information. Also, in the development of state-of-the-art bioinformatics methods to collect manipulate, and analyze genomic, transcriptomic, and epigenomic data from next-generation sequencing data.
In the last years, I have focused on the development and application of algorithms able to extract many-to-many relationships from different domains of knowledge (e.g. genomic data, images, transcriptomic data, clinical data). We aim to distinguish different clinical forms of complex disorders (e.g. mental disorders, cancer) associated with distinct genetic backgrounds and their application to effective personalized treatments. Particularly, I will be with you in modules 1 and 2
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: Bienvenidos / Welcome

by Jose Manuel Soto Hidalgo -
Hola a tod@s,

Soy Jose Manuel Soto Hidalgo, profesor titular del departamento de Ingeniería de Computadores, Automática y Robótica de la UGR. Junto con la profesora María Martínez Rojas, seré coordinador y tutor del último módulo del MOOC: Módulo 8 - Herramienta Gráfica KNIME.

Hemos intentado poner a vuestra disposición diversos recursos y ejemplos para facilitar un aprendizaje rápido y riguroso sobre una herramienta gráfica que está revolucionando el mundo de la Ciencia de Datos, especialmente en el análisis y extracción de conocimiento a partir de datos. Este módulo ofrece una visión introductoria no solo al uso de la herramienta KNIME, sino también a su aplicación en bioinformática a través de las diferentes técnicas que ya habéis visto en los módulos anteriores del MOOC. Descubrirás su facilidad de uso, su potencia para el análisis de datos y la extracción de conocimiento en problemas de bioinformática, y en definitiva, las ventajas competitivas que ofrece el uso de esta herramienta.

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Hello everyone,

I am Jose Manuel Soto Hidalgo, associate professor at the Department of Computer Engineering, Automation and Robotics at UGR. Along with professor María Martínez Rojas, I will be the coordinator and tutor of the last module of the MOOC: Module 8 - KNIME Graphical Tool.

We have tried to provide you with various resources and examples to facilitate a quick yet rigorous learning experience about a graphical tool that is revolutionizing the world of Data Science, particularly in the analysis and extraction of knowledge from data. This module offers an introductory view not only of the use of the KNIME tool but also its application to bioinformatics through the different techniques you have already seen in the previous modules of the MOOC. You will discover its ease of use, its power for data analysis and knowledge extraction in bioinformatics problems, and ultimately, the competitive advantages of using this tool.
In reply to Jose Manuel Soto Hidalgo

Re: Bienvenidos / Welcome

by María José Gacto -
¡Hola a todos! Soy María José Gacto Colorado profesora del Departamento de Lenguajes y Sistemas Informáticos de la universidad de Granada, y me complace enormemente ser vuestra tutora en el módulo 4 de este curso. Con años de experiencia en investigación y aplicación práctica en el campo de la regresión, estaré aquí para guiaros a lo largo del módulo mientras aprenderemos conceptos y métodos de regresión, así como su aplicación en datos. ¡Nos vemos muy pronto en el módulo 4!

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Hello everyone! I am Maria Jose Gacto Colorado a Associate Professor in the Department of Software Engineering at the University of Granada, and I am very pleased to be your tutor for module 4 of this course. With years of experience in research and practical application in the field of regression, I will be here to guide you through the module as we learn about regression concepts and methods, as well as their application to data. See you very soon in module 4!
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Augusto Miguel Anguita Ruiz -
Hola a tod@s y bienvenid@s a este apasionante camino de aprendizaje sobre la ciencia de datos, el machine learning, y sus usos y aplicaciones de biosalud.

Mi nombre es Augusto Anguita Ruiz y soy investigador en el centro de epidemiología Instituto de Salud Global de Barcelona (ISGlobal). En este MOOC, soy tutor del módulo 3: Aprendizaje Supervisado y Técnicas de Regresión. La regresión es una de las herramientas más utilizadas para el análisis de datos moleculares y biológicos cuando estos adquieren dominios continuos, y en este módulo os daremos las claves para su comprensión, así como ejemplos y recursos para que seáis capaces de lanzar vuestros propios modelos de regresión. Junto con mis compañeros de módulo, estaremos a vuestra disposición para resolver dudas y fomentar vuestra participación creando hilos de debate con material adicional en el foro.

Mucho ánimo con este curso y a disfrutar!

Un saludo, Augusto.

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Hello everyone and welcome to this exciting learning journey about data science, machine learning, and its uses and applications in health-bio sciences.

My name is Augusto Anguita Ruiz and I am a researcher at the Centre for Epidemiology Institute of Global Health in Barcelona (ISGlobal). In this MOOC, I am tutor of module 3: Supervised Learning and Regression Techniques. Regression is one of the most widely used tools for the analysis of molecular and biological data when these data acquire continuous domains, and in this module, we will give you the keys to understanding it, as well as examples and resources so that you will be able to launch your regression models. Together with my colleagues, we will be at your disposal to answer your questions and encourage your participation by creating discussion threads with additional material in the forum.

Good luck with this course and enjoy it!

Best regards, Augusto.
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by María Martínez Rojas -
Buenos días,

Bienvenidos y bienvenidas a la cuarta edición del MOOC sobre Machine Learning y Big Data para la Bioinformática. Me llamo María Martínez Rojas, Profesora Titular de Universidad en el Departamento de Construcciones Arquitectónicas de la Universidad de Granada, y junto con el profesor José Manuel Soto Hidalgo, os guiaremos a través del módulo 8, titulado "Herramienta Gráfica: KNIME".

En este módulo, exploraremos cómo KNIME puede ser una herramienta poderosa para la manipulación de datos y la realización de análisis complejos en el campo de la bioinformática. Nuestra meta es que, al finalizar el módulo, no solo comprendan mejor esta herramienta, sino que también puedan aplicarla efectivamente en sus propios proyectos de investigación.

Esperamos que el curso sea de su interés y que disfruten de cada módulo. ¡Nos vemos en el módulo 8!

Quedo a su disposición para cualquier consulta que puedan tener durante el curso.
Atentamente,

María

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Good morning,

Welcome to the fourth edition of the MOOC on Machine Learning and Big Data for Bioinformatics. My name is María Martínez Rojas, Associate Professor in the Department of Building Construction at the University of Granada, and together with Professor José Manuel Soto Hidalgo, I will guide you through Module 8, titled "Graphic Tool: KNIME".

In this module, we will explore how KNIME can be a powerful tool for data manipulation and conducting complex analyses in the field of bioinformatics. Our goal is that by the end of the module, you will not only have a better understanding of this tool but also be able to effectively apply it in your own research projects.

We hope you find the course engaging and enjoy each module. See you in Module 8!

I am at your disposal for any questions you may have during the course.

Sincerely,

Maria
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Pedro Carmona -
Buenos días
Soy Pedro Carmona, profesor titular del departamento de Estadística e IO de la Universidad de Granada.
Junto con los profesores Carlos Cano y Coral del Val os ayudaremos en el módulo 1 y 2 dedicados a dar una introducción general a qué es la Bioinformática y sus campos de aplicación, así como el análisis de datos -omicos.
Espero que os resulte de interés y aprovechéis el curso!
Un saludo
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Good morning
I am Pedro Carmona, associate professor at the Department of Statistics and IO of the University of Granada.
Together with professors Carlos Cano and Coral del Val we will help you in module 1 and 2 dedicated to give a general introduction to what is Bioinformatics and its fields of application and to the analysis of -omics data.
I hope you find it interesting and take advantage of the course!
Best regards
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Rafael Alcalá Fernández -
Buenos días. Mi nombre es Rafael Alcalá y soy Catedrático del departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada. También soy miembro de los Centros de Investigación DaSCI (https://dasci.es/es/personal/perfil/rafael-alcala-fernandez/) y CITIC-UGR.
Coordino el Módulo 4, "Técnicas de Regresión", en el que veremos cómo obtener modelos sobre variable cuantitativa continua (o de manera más general, numérica ordinal) a partir de datos con características de las que pudiera tener dependencia.

Os doy la bienvenida a este curso y espero que os sea de mucha utilidad para iniciaros en esta área de naturaleza totalmente multidisciplinar y en pleno auge a día de hoy.

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Good morning. My name is Rafael Alcalá. I am Senior Professor with the Department of Computer Science and Artificial Intelligence at the University of Granada, and member of the DaSCI (https://dasci.es/personal/perfil/rafael-alcala-fernandez/) and CITIC-UGR Research Centers.

I coordinate Module 4, "Regression Techniques", in which we will see how to obtain models on continuous quantitative variables (or more generally, ordinal numerical variables) from data with features on which it could have a dependence relation.

I welcome you to this course and I hope it will be very useful to get you started in this area of a totally multidisciplinary nature and in full swing today.
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Elena Ruiz Sánchez -
Hola a tod@s y bienvenid@s!

Mi nombre es Elena Ruiz Sánchez, y os acompañaré durante parte de los módulos 5 y 6 (dentro de unas semanillas), donde aprenderemos sobre técnicas de aprendizaje supervisado y no supervisado, respectivamente.

Os cuento un poquito sobre mí: estudié el Grado en Ingeniería Informática en la Universidad de Granada y en esta misma universidad continué primero con el Máster en Ciencia de Datos e Ingeniería de Computadores y después con mi tesis doctoral sobre algoritmos de reglas de asociación en flujos de datos.
Actualmente trabajo como desarrolladora de software en el grupo de I+D de Revvity, construyendo soluciones de análisis de datos para el sector farmacéutico.

Espero que disfrutéis el curso y os resulte interesante. ¡Nos vemos en los foros y en cafetería! sonrisa

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Hello and welcome all!
My name is Elena Ruiz Sánchez, and I will be with you during part of modules 5 and 6 (in a few weeks), where we will learn about supervised and unsupervised learning techniques, respectively.

A little bit about myself: I studied Computer Engineering at the University of Granada and at the same university I continued first with the Master in Data Science and Computer Engineering and then with my PhD thesis on algorithms of association rules in data streams.
I am currently working as a software developer at the R&D group of Revvity, building data analysis solutions for the pharmaceutical industry.

I hope you enjoy it and find it interesting. See you in the forums and canteen! sonrisa
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Francisco Javier García Castellano -
Buenas,
soy Fco. Javier García Castellano y seré el que se encargue de coordinar el módulo 7, que trata sobre Big Data. Soy Profesor Titular del Departamento de Ciencias de la Computación e Inteligencia Artificial de la Universidad de Granada.

Entre mis líneas de trabajo, además de Big Data, está la ciencia de datos, el aprendizaje supervisado, los árboles de decisión, las probabilidades imprecisas, las redes bayesianas o, también, los datos de expresión genética.

Como el resto de mis compañeros estoy a vuestra disposición para echaros una mano y que el curso os sea lo más fácil y ameno posible.

Un consejo: intentad completar cada módulo en la semana que le corresponde aunque cueste. De esta forma, no llegaréis sin tiempo a los últimos módulos.

¡Bienvenidos!

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Hello,
my name is Fco. Javier García Castellano and I will coordinate module 7, which deals with Big Data. I am an Associate Professor with the Department of Computer Science and Artificial Intelligence at the University of Granada.

Apart from Big Data, my lines of work are data science, supervised learning, decision trees, imprecise probabilities, Bayesian networks, and gene expression data.

Like the rest of my colleagues, I am at your disposal to help and make the course as easy and enjoyable as possible.

A piece of advice: try to complete each module in the week that corresponds to it, even if it is difficult. This way, you won't run out of time for the last modules.

Welcome!
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Carlos Cano Gutiérrez -
Hola! Bienvenidas y bienvenidos a esta nueva edición del MOOC Machine Learning y Big Data para la Bioinformática. Mi nombre es Carlos Cano Gutiérrez y soy profesor titular del departamento de Ciencias de Computación e I.A. de la Universidad de Granada. Os acompañaré en los módulos 1, 2 y 6 de este curso. Hemos elaborado los materiales con mucha dedicación y esperamos que los disfrutéis! No dudéis en trasladarnos vuestras dudas y sugerencias, así como participar en foros y cafetería. Os esperamos!

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Hello everyone and welcome to this new edition of the MOOC Machine Learning and Big Data for Bioinformatics. My name is Carlos Cano Gutiérrez and I am Associate Professor at the Department of Computer Science and AI at the University of Granada. You will see me around in some videos in Modules 1, 2 and 6. I hope you enjoy this course and the contents we created for you! Please do not hesitate to contact us in the Cafeteria for questions and further discussion on the topics of the course. Enjoy the trip and have fun!
In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Samuel Saldaña -

Hola, muchas gracias por este MOOC, me interesa sacar todo el provecho de el que sin duda será así... un cordial saludo para todos.


Samuel Saldaña Valenzuela

In reply to Jesús Alcalá Fernández

Re: Bienvenidos / Welcome

by Alberto Fernández Hilario -
Buenos días!

Creo que soy el último en intervenir, así que voy directamente al grano. Mi nombre es Alberto Fernández, soy Profesor Catedrático en la Universidad de Granada. Mi carrera académica comenzó en 2005, aunque no defendí mi tesis hasta 2010, cuando me uní al Departamento de Informática de la Universidad de Jaén. Tras 6 años muy provechosos en dicha institución, durante el curso 2015-2016 me uní Departamento de Informática e Inteligencia Artificial de la UGR, del que soy miembro hasta la actualidad. Aquí imparto docencia en diversas titulaciones, principalmente en los Grados de Biología y Estadística, así como en el Máster en Ciencia de Datos y en el Máster en Transformación Digital de Empresas.

Pertenezco al Instituto Interuniversitario Andaluz de Ciencia de Datos e Inteligencia Computacional (DaSCI: https://www.dasci.es). Mi principal línea de investigación es la Ciencia de Datos, por lo que aplico numerosos enfoques de Aprendizaje Automático a problemas de clasificación, especialmente en el contexto de Big Data. Dirijo numerosas tesis doctorales en este tipo de campos, centrándome principalmente en la interpretabilidad y comprensión de modelos, dentro del concepto de de la IA Confiable (Explicabilidad, Equidad, Seguridad).

En este curso, seré vuestro tutor en los módulos de introducción al aprendizaje automático (M3) y en las tareas de clasificación con diversos modelos (M5). Mi función consiste en guiaros a través de los conceptos básicos del aprendizaje automático, proporcionando una comprensión sólida de los algoritmos fundamentales y su aplicación en el contexto de la bioinformática. Además, me encargo de presentar y explicar detalladamente distintos modelos de clasificación, así como de proporcionar ejemplos prácticos y casos de estudio relevantes para ayudaros a entender cómo aplicar eficazmente estas técnicas en problemas específicos de bioinformática.

Espero que disfrutéis realizando este curso, tanto como nosotros montando todo el material.

Un saludo y bienvenidos/as!

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Good morning!

I believe I am the last one to intervene, so I'll get straight to the point. My name is Alberto Fernández, and I am a Full Professor at the University of Granada. My academic career began in 2005, although I did not defend my thesis until 2010 when I joined the Department of Computer Science at the University of Jaén. After six very fruitful years at that institution, during the 2015-2016 academic year, I joined the Department of Computer Science and Artificial Intelligence at UGR, of which I have been a member to this day. Here, I teach in various degrees, mainly in Biology and Statistics, as well as in the Master's in Data Science and the Master's in Digital Business Transformation.

I am a member of the Andalusian Interuniversity Institute of Data Science and Computational Intelligence (DaSCI: https://www.dasci.es). My main research line is Data Science, so I apply numerous Machine Learning approaches to classification problems, especially in the context of Big Data. I supervise numerous doctoral theses in these fields, focusing mainly on the interpretability and understanding of models, within the concept of Reliable AI (Explainability, Fairness, Security).

In this course, I will be your tutor for the modules on introduction to machine learning (M3) and classification tasks with various models (M5). My role is to guide you through the basic concepts of machine learning, providing a solid understanding of fundamental algorithms and their application in the context of bioinformatics. Additionally, I am responsible for presenting and explaining different classification models in detail, as well as providing practical examples and relevant case studies to help you understand how to effectively apply these techniques to specific bioinformatics problems.

I hope you enjoy taking this course as much as we enjoyed putting together all the material.

Best regards and welcome!