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Module 2 discussion forum

reproducible science

reproducible science

by Coral del Val Muñoz - Number of replies: 5

En el contexto de trabajos con datos -omicos, muchas revistas exigen depositar en repositorios públicos los datos e incluso los scripts antes de publicar el trabajo ¿Por qué creeis que esto es importante y qué ventajas puede tener? ¿Debería ser una exigencia en proyectos financiados con fondos públicos? ¿Qué ventajas e inconvenientes podría ofrecer ?

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In the context of work with -omics data, many journals require depositing data and even scripts in public repositories before publishing the work. Why do you think this is important and what advantages could it have? Should it be a requirement in publicly funded projects? What advantages and disadvantages could it offer?

In reply to Coral del Val Muñoz

Re: reproducible science

by Jorge Vallejo Ortega -
Datos y scripts en repositorios públicos.

Me parece de importancia primaria. Uno de los pilares del método científico es la reproducibilidad. Esto es, a partir de tus muestras (en este caso, los datos ómicos) y tus métodos (tus scripts) otros grupos de investigación deberían ser capaces de llegar a tus mismos resultados. En caso contrario, hay un problema o un error que es necesario localizar. Sin las muestras y los métodos se pierde la reproducibilidad. El que estén en repositorios públicos es importante para que tenga acceso cualquier grupo de investigación de cualquier parte del mundo, evitando así sesgos culturales e influencias de poder.

Pienso que sí debería ser una exigencia en proyectos financiados con fondos públicos. Si el proyecto ha sido pagado con dinero de todos los ciudadanos, sus resultados son propiedad de todos los ciudadanos.

Se me ocurren un par de ventajas, que creo que son comunes a otros casos en los que el intercambio de información es libre (como en el ámbito del software libre y las enciclopedias colaborativas como Wikipedia). Por un lado, la información está sometida al escrutinio de más ojos y más formas de pensar, por lo que es más probable que posibles errores salgan a la luz y puedan corregirse. Por otro lado, el acceso rápido y sencillo a la información tiene un efecto multiplicador que acelera la producción de más información (el acceso a la investigación de otros grupos te permite mejores elecciones a la hora de elegir qué investigar, qué métodos usar, y qué posibles dificultades encontrarás en el camino).

Algunas desventajas que se me ocurren es el riesgo ético de tener datos médicos (u otros datos personales) en bases públicas y que se puedan desanonimizar. O que la publicación de scripts impida o dificulte la formalización de patentes.
In reply to Jorge Vallejo Ortega

Re: reproducible science

by Mario Garrido Escudero -
Estoy totalmente de acuerdo con el punto de vista de Jorge.
La ciencia es un proceso que se realiza en colaboración; los nuevos hallazgos se montan sobre los anteriores. Además de la importancia de la reproducibilidad (y de la falsabilidad), de este modo se evitan además posibles fraudes; lo que no es despreciable teniendo en cuenta la presión por publicar a la que se está sometido en ciencia y que solo los resultados 'positivos' son publicados.

Entiendo que también que debería existir una regulación sobre el uso con fines privados (e.g., farmaceúticas) de bases de datos de investigaciones que se han financiado con dinero público, considero que además de un marco ético, deberían plantearse mecanismos para que los beneficios privados repercutan de vuelta en las investigaciones públicas.
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: reproducible science

by Oscar Duarte -
Uno de los pilares del movimiento de "Ciencia Abierta" es el acceso público a los datos. En particular, me gusta el enfoque de la Unesco que se encuentra en https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000368788.locale=es .
Sin el acceso abierto a datos es imposible la reproducción de los experimentos y esta tarea es crítica para el avance de la ciencia. Desafortunadamente, en muy pocas ocasiones se promueve esta reproducción, quizás en parte porque no es algo que genere papers a no ser que identifique errores(¿se imaginan un artículo titulado "éxito en la reproducción de los resultados del experimento de XXX? ).
El famoso error en el modelo económico de endeudamiento de los países y en el cual se sustentaron las terribles medidas de austeridad de hace unos años (https://www.bbc.com/mundo/noticias/2013/04/130420_economia_estudiante_profesores_rogoff_herndon_tsb) quizás no habría pasado inadvertido si fuese más usual la tarea de reproducción de experimentos.
In reply to Coral del Val Muñoz

Re: reproducible science

by Bárbara Daismely Martínez González -
Considero que es importante pues los repositorios constituyen sistemas de información, que tienen como finalidad organizar, preservar y difundir en el modo acceso abierto (Open Access), recursos científicos y académicos. Compartir nuestros conocimientos con el resto del mundo es siempre una ventaja, quizás así se pudieran evitar muchas problemáticas en otras investigaciones.